De Gomarus scholengemeenschap is een streekschool: de leerlingen komen uit de Alblasserwaard, Vijfheerenlanden, het land van Heusden en Altena, de Bommelerwaard en de West-Betuwe. De school gaat uit van de Vereniging voor Christelijk Voortgezet Onderwijs op Reformatorische Grondslag te Gorinchem. Deze vereniging werd opgericht op 24 oktober 1970 tijdens een vergadering in de Johannes Calvijnschool te Leerdam. In oktober 1973 vernam het Verenigingsbestuur dat de school op 1 augustus 1974 voor bekostiging uit de rijkskas in aanmerking zou komen. Ondertussen was er een directeur benoemd, de heer C.P. Huissen, sinds 1968 adjunct-directeur van een mavo te Middelburg.
Toen de school in 1974 startte, waren er grote huisvestingsproblemen. De directeur had zijn kamer aan de Wijnkoperstraat. De leerlingen, in vijf klassen, waren in twee andere gebouwen ondergebracht. Andere ruimten waren niet beschikbaar. De situatie werd het jaar daarop alleen nog maar ongunstiger wat de huisvesting betreft, door de toename van het aantal leerlingen. Wel was intussen een begin gemaakt met de bouw van een noodschool in Schotdeuren aan de Haarsekade, maar er kon nog geen gebruik van worden gemaakt. Juist toen de situatie onhoudbaar dreigde te worden, was er in november een deel van het noodgebouw klaar, zodat enkele klassen hiervan gebruik konden maken. In augustus 1985 werd een havoafdeling begonnen. Niet lang daarna kon ook het naastliggende gebouw van de Oude Hoven in gebruik worden genomen.
In 1994 werd een vwo-afdeling toegevoegd. In januari 1996 werd het nieuwe schoolgebouw aan de Hoefslag betrokken. Reeds drie jaar later werd dit gebouw met een nieuwe vleugel uitgebreid. In 2003 kreeg de school, na jarenlange procedures, de gelegenheid om met twee beroepsgerichte leerwegen van het vmbo te starten. Voor deze afdelingen, bouwtechniek en zorg & welzijn, werden in 2006 praktijklokalen gebouwd. Het gebouw, dat via twee loopbruggen verbonden is met het oorspronkelijke gebouw, is speciaal ingericht voor de praktijkvakken in het vmbo. De school had inmiddels een leerlingenaantal van 1750. In 2004 werd een dependance in de Lange Slagenstraat toegevoegd om alle leerlingen te kunnen huisvesten. In 2009 is het vmbo uitgebreid met een afdeling voor handel & verkoop. In augustus 2010 is ook het leerwegondersteunend onderwijs (lwoo) toegevoegd aan het onderwijsaanbod van de Gomarus.
In augustus 2018 zijn we gestart met een nevenvestiging in Zaltbommel.